南京工程学院的科研工作坚持以“培养高水平应用型人才、从事高水平应用研究和开发、实施高质量社会服务”为目标。高度重视多元化、多样式的校企合作，目前已与美国通用电气、德国西门子、日本三菱、江苏电力公司等多家国内外知名企业签署了合作共建协议，并在学校共建实验室和工程中心，目前学校已经建有“江苏省轨道车辆现代化装备工程研究中心”、“江苏电力仿真技术中心”、先进数控技术实验室及西门子、法那科、三菱电机等8个大型现代化培训中心和80多个实验室，140个校外实习基地。
　　在产学研合作及成果转化过程中，学校要积极探索与校参股企业合作建立校级工程中心的模式和管理机制，构建新型产学研创新体系；要以锻炼、培养、提高教师和科技工作者的工程应用能力为重点，运用科研项目这一载体，推进产学研的进一步结合；要以“促进科研、提高水平、做好预研、培育成果”为目标，积极申报和承担纵向和横向的各类科研课题，鼓励教师和科技工作者走出校园，融入社会的科技创新体系。
　　今年以来，学校共培育4个省级重点建设学科点。与校参股企业联合建立多所校级工程技术中心。建立4个紧密型的“政产学研”联合体，与政府和企业进行10次科技“对接”。引进2家科技型创业企业入住产业园孵化。
　　上半年，南京工程学院近2亿元的16个国际国内合作项目在南京签约，这16个合作项目主要与三菱电机自动化（上海）有限公司、美国UGS公司等14家机构共建实验室和工程中心，这是校企合作的新探索，创建了产学研合作的新模式。
　　此次南京工程学院与国际著名企业GEFanuc公司共建了自动化系统集成实验室、同德国博世力士公司共建了机电一体化实验中心，还与江苏电力公司共建了输变电工程实习中心、与南瑞继保共建了电力自动化系统集成实验室等共有16个项目。